在朱镕基同志的亲自倡导和大力推动下，上海国家会计学院于2000年9月正式组建。学院是财政部直属事业单位，由财政部和上海市人民政府双重领导，实行党委领导下的院长负责制。学院还是中国政府倡导设立的亚太财经与发展学院（AFDI）所在地，该学院是中国政府在APEC框架下倡导建立的第一个旨在促进区域能力建设的机构。

　　十多年来，在财政部的直接领导下，在各级领导的关怀和指导下，在社会各界的大力支持下，上海国家会计学院历经艰苦创业，积极探索高级财金、会计人才教育规律，适应经济社会发展对高端人才的需求和会计行业发展战略，面向国家宏观经济部门、国有大中型企业、金融机构和中介机构等开展高层次继续教育，形成了清晰的办学思路、办学模式。逐步形成了学位教育、高层管理培训、远程教育“三足鼎立”的事业格局，在经济社会领域形成了较高的知名度，被誉为会计人员的“精神家园”。