吉林农业大学马克思主义学院的前身是1948年建校之初的马列主义教研室。吉林农业大学建校之初就开始讲授政治理论课程,1955年,成立马列主义基础教研组(校长直接领导),1964年,因文化大革命停课,1972年,政治理论教研室部分恢复上课,1978年恢复长春校址,成立马列主义教研室和共产党思想品德教研室(简称德育教研室),1985年,成立马列主义教研部和德育教研部,1994年,成立人文科学系(马列主义教研部和德育教研部合并为马列主义教研部,隶属人文科学系)。2000年,成立人文政法学院(马列主义教研部隶属人文政法学院),2006年,成立人文学院(马列主义教研部隶属人文学院)。2006年获批马克思主义基本原理和思想政治教育硕士学位点。2008年成立马克思主义学院(同人文学院合属办公),2010年获批马克思主义理论一级学科硕士学位授权点。2011年,马克思主义学院独立建院。2016年,成功获批两个“吉林省社会科学重点领域研究基地”。2018年,成立“习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心”,2018年获批吉林省首批重点马克思主义学院;2019年成立“廉政建设研究中心”